Fatma Eser, tıp eğitimini Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde tamamlamış, uzmanlık eğitimini Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji alanında almıştır. Asistanlık eğitiminin ardından Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde uzman doktor olarak görev yapmış, 2020 yılından itibaren Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde akademik çalışmalarını sürdürmüştür. Halen aynı üniversitede Doçent Doktor olarak görev yapmakta ve Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği’nde çalışmaktadır. Araştırma alanları; HIV enfeksiyonu, hastane enfeksiyonları, antibiyotik direnci, kronik viral hepatitler, klinik epidemiyoloji ve antimikrobiyal tedavi yaklaşımlarını kapsamaktadır. Ulusal ve uluslararası çok sayıda dergi makalesi ve kongre bildirisi bulunan Dr. Eser, klinik araştırmalarda yardımcı araştırmacı olarak aktif rol almıştır. Akademik çalışmalarının yanı sıra T.C. Sağlık bakanlığı ve meslek uzmanlık dernekleri bünyesinde mesleki gelişime yönelik eğitim faaliyetlerine katkı sunmaktadır.